C'est après trois ans d'entraînement, que Naruto fait son grand retour à Konoha. Il revient avec des nouvelles techniques et est bien décidé à ramener Sasuke et à réaliser son rêve de devenir Hokage.
Il retrouve Sakura qui est bien plus forte qu'avant et qui attendait son retour avec impatience. Ainsi que Kakashi, qui n'a pas beaucoup changé, et tous ses autres amis du village, qui pour la plupart sont déjà devenu chuunin, voir jounin.
Mais à peine de retour au village, la menace de l'Akatsuki plane toujours sui lui et son ami Gaara est en danger.
En effet les membres de l'organisation l'Akatsuki cherchent à kidnapper tous les jinchuuriki et à leur extraire les bijuu qui se trouvent scellé en eux.
Tout au long de ses nouvelles aventures Naruto devra faire preuve de sagesse et faire les bons choix. Il devra réfléchir à des tactiques pour vaincre les multiples ennemis qui l'attendent et faire face à bien des périples. Il va égelement montrer ses nouvelles techniques et en apprendre d'autres que même le quatrième Hokage n'avait pu réaliser. Il devra mûrir encore un peu pour protéger ses amis comme il l'a toujours fait et pour ramener Sasuke...