Kyuubi, le démon renard à neuf queues était très puissant et pouvait à l'aide d'une seule queue rasée un village entier. Les ninjas par centaines ont tout fait pour terrasser ce monstre mais sans pour autant y parvenir. C'est alors qu'il décida de s'en prendre au village caché de Konoha. Il se retrouva alors face à un puissant adversaire, un jeune homme blond qui n'était autre que le quatrième Hokage. Grâce à sa puissance et son intelligence, Le quatrième Hokage parvint a scellé Kyuubi à l'intérieur d'un nouveau né, mais cela au péril de sa vie.
Douze ans plus tard, le jeune enfant à l'intérieur duquel Kyuubi a été scellé est très turbulent, mais il fait toutes ses bêtises dans un seul but, se faire reconnaître. Car il est rejeté de tous. Il ignore pourquoi, mais c'est parce qu'en lui se trouve Kyuubi qui a dévasté le village il y a douze ans de cela. Naruto décide alors de devenir un ninja et de surpasser tous les Hokage.
Naruto entre à l'académie et devient genin. Il fait alors équipe avec Uchiwa Sasuke et Haruno Sakura, ainsi que Hatake Kakashi, le ninja copieur.
Ils vont donc suivre un grand entrainement tout en accomplissant des missions. Leur but est de devenir chuunin puis jounin ...
Mais quelque chose se prépare, l'examen chuunin est-il menacé ? Bien des péripéties attendent nos héros, ainsi que de nouvelles rencontres bonnes ou mauvaises et surtout de puissants liens vont se créer et de grands ninjas aux grandes techniques vont êtres révelés.