L'histoire

Sangoku à entraîné Oob pendant de longues années dans la salle du Temps, là où réside Dieu (Dendé). Tous deux ressortent épuisé de la salle et discutent un peu avec Dendé. Profitant de leur innatention, Pilaf, Mai et Shu cherche les dragon ball et finissent par tomber dessus. Sheron apparaît alors et Pilaf forumule son voeux sans vraiment le vouloir : Sangoku se retouve avec 50 ans de moins ! Il a donc l'apparance d'un garçon d'environ 10-12 ans, comme au début de la série Dragon Ball. Les Dragon Ball s'éparpillent alors dans l'espace et Sangoku à 1 an jours pour jours pour les réunir toutes les sept, sinon la Terre sera réduite en cendres.
Après cette terrible annonce, Sangoten et Trunk sont choisis pour l'accompagner à travers la galaxie et récupérer les boules mais c'est finalement Pan, la petite fille de Sangoku qui prendra la place de Sangoten à cause d'un coup de téléphone passé au mauvais moment de sa copine.

L'histoire de Dragon Ball GT se répartit en quatre "arcs"
Premier arc :
Durant leur voyage, Sangoku, Trunks et Pan rencontrent un petit robot nommé Giru qu'ils prennent en otage après qu'il a avalé le Dragon Radar, et finissent par devenir son ami. Après avoir vécu de nombreuses péripéties, ils font la connaissance de Baby qui appartenait au peuple le plus intelligent de l'univers, (les Tsufuls), anéantis par les Saïyens. En quête de vengeance, Baby crée le professeur Myû, une machine mutante, pour le protéger et le maintenir en vie. Découvert, puis vaincu, par Goku, Trunks et Pan, Baby s'enfuit après avoir récupéré la Dragon Ball qu'il avait inséré dans le professeur Myû, afin de gagner en puissance et ainsi se développer.

Le second arc est le principal de Dragon Ball GT. Il s'étend des épisodes 22 à 40. C'est avec cet arc que la série retrouve son côté "action" avec plus de combats et le retour de Vegeta, Son Goten et les autres.
Baby, après s'être développé en absorbant des êtres vivants, peut désormais s'implanter dans des corps humains afin de les contrôler. Ainsi, il prend le contrôle de Son Gohan et Son Goten mais surtout de Vegeta. Lorsque Son Goku arrivera sur Terre, il affrontera Baby dans le corps de Vegeta et deviendra même Super Saïyen de niveau 4.
Cet arc verra le retour de Oob et sa fusion avec Boo, le retour de la queue de Son Goku, la naissance du Super Saïyen 4 et le sacrifice de Piccolo.

Le troisième arc est le plus court de toute la trilogie Dragon Ball : il s'étend des épisodes 40 à 47. Il raconte comment le professeur Myû et le docteur Gero s'allient afin de faire fusionner les C-17 du présent et du futur, ce qui aura pour effet de créer Super C-17, la forme de vie artificielle ultime.
Ils échafaudent, par la même occasion, un plan pour piéger Son Goku en enfer et libérer tous les ennemis qu'il a tués (sauf Cell et Freezer, qu'il combattra en enfer). C-17 et son double s'uniront en un seul cyborg : Super C-17. Celui-ci deviendra infiniment plus puissant que les cyborgs précédents. Son Goku aura du mal à battre Super C-17 car ce dernier absorbe l'énergie qu'il lui envoie. C-18 aidera Son Goku à le détruire.
Dans cet arc, Krilin décède, C-18 s'oppose à son frère et on assiste à un nouvel affrontement entre Son Goku, Cell et Freezer, le retour d'ennemis échappés de l'Enfer. Dendé et Piccolo combinent leurs pouvoirs afin d'aider Son Goku à s'échapper de l'Enfer. C'est également l'occasion pour Goku d'utiliser une nouvelle fois le Super Saïyen 4 et le Ryu-ken.

Le dernier des arcs. Il s'étend des épisodes 47 à 64, et explique pourquoi Ro Kaïoh Shin voyait d'un mauvais œil l'utilisation intensive des Dragon Balls : en effet, à chaque fois qu'un vœu est fait, de l'énergie négative (Minus) s'accumule dans les Dragon Balls, jusqu'à les faire craquer. C'est ce qui arrive dans cet arc, et des dragons maléfiques naissent des Dragon Balls : il y en a 7 au total, chacun né d'un souhait fait dans la série et portant le nom d'une des Dragon Balls.
La première partie de l'arc rappelle le début de Dragon Ball GT avec Pan et Son Goku qui partent affronter les dragons, qui se révèlent plutôt faibles et ne durent souvent pas plus d'un épisode.
La deuxième partie de l'arc mise en revanche bien plus sur l'action, avec le combat contre Suu Shenron et San Shenron, les jumeaux rivaux de glace et de feu, et surtout celui contre Li Shenron qui absorbe les précédents dragons.
Cet arc verra Vegeta passer Super Saïyen 4 puis fusionner avec Son Goku en Gogeta Super Saïyen 4, mais leur fusion s'achèvera avant d'avoir pu donner le coup final.
Finalement, Son Goku, manquant d'énergie pour se maintenir au niveau de Super Saïyen 4, terrassera Li Shenron avec un Genki Dama composé de l'énergie des personnes de tout l'univers. Une fois les sept dragons vaincus, Shenron indique que dorénavant, les héros ne pourront plus utiliser les Dragon Balls et devront se débrouiller par eux-mêmes pour résoudre leurs problèmes. Son Goku part avec le dragon et absorbe les 7 boules de cristal. Ce qu'il advient réellement de Son Goku reste un mystère.
Il s'agit ainsi de la fin de la trilogie Dragon Ball, une fin qui joue sur l'émotion : elle présente une perspective sur le futur (100 ans après). Dragon Ball GT se termine sur des extraits des trois séries et des dessins inédits de Son Goku par Akira Toriyama sur fond de Dan Dan.